accès cluster bio structurale

Cluster Account requests
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Bonjour,

Je viens de débuter un contrat UPC mais je suis rattachée à un laboratoire de l’institut imagine.

J’avais pu assiter au meeting ipop up sur alpha fold en octobre dernier et je me demandais si je pouvais avoir accès au cluster avec alphafold déjà installé.

Je suis également preneuse de toute information/meeting/formation autour de la biologie structurale.

Je reste à votre disposition pour toute information,

bien cordialement,
Eglantine Hector - équipe Immunogénétique des maladies auto-immunes pédiatriques

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Bonjour,

Oui, bien sûr.

Merci de me fournir les informations suivantes:

  • Nom
  • Prénom
  • Adresse mail académique
  • Laboratoire d’accueil
  • Compte projet à créer (avec volume estimé des données) ou auquel vous rattacher

Cordialement.

3

Bonjour,

Voici les informations demandées.

HECTOR

Eglantine

eglantine.hector@inserm.fr (de préférence) eglantine.hector@u-pariscite.fr

Institut Imagine - équipe Frédéric RIeux Laucat

Projet: utilisation alphafold seulement, idéalement via MassiveFold. Est-ce que les bases de données sont déjà installées sur le cluster ou est-ce qu’il faut estimer le stockage de ces données ? Quels sont les outils de bio structurale déjà installés ?

Autrement je pense qu’une trentaine de Go devraient suffire pour les outputs

Est-ce qu’il faut également configurer un vpn pour accéder au cluster ?

Merci d’avance,

Bien cordialement,

4

Bonjour,

J’ai créé votre compte. Vos identifiants vont sont parvenus dans un autre mail (adresse inserm). Conservez-les précieusement.

J’ai cependant besoin d’un acronyme pour l’espace projet que je vais vous créer.

Nous disposons bien de MassiveFold ainsi que d’un certain nombre de logiciels de bioinformatique structurale tels que (liste non exhaustive) : Alphafold 2 & 3, Boltz-2, Chai-1, ProteinMPNN, etc…

Concernant les banques, celles d’alphafold 2 & 3 sont disponibles dans /shared/banks. Mais pour réaliser les alignements nous disposons d’une API dédiée disponible ici : http://cpu-node146:3000 (à renseigner avec l’argument --url dans colabfold par exemple).

Il n’y a pas de VPN à configurer pour accéder au cluster. Vous vous connectez via une console ssh ou une interface web disponible ici : https://ondemand.rpbs.univ-paris-diderot.fr/.

Bien cordialement.

5

Bonjour,

Merci pour ces informations.

Comme accronyme on peut prendre STRUCT_eh

Je n’ai rien reçu dans ma boîte inserm. Est-il possible de les avoir sur cette adresse finalement ?

Merci d’avance,

6

Bonjour,

J’ai bien reçu les identifiants, merci.

Pour une connexion en ssh, quelle est l’adresse ?

Bien cordialement,

Eglantine Hector

7

Bonjour,

L’information vous a été transmise dans le mail contenant vos identifiants:

ssh {{username}}@ipop-up.rpbs.univ-paris-diderot.fr

Cordialement.