Apptainer container désactivé?

Cluster Help requests
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Bonjour,

Je lançais une série de job en utilisant un Apptainer container (/shared/projects/ctgan/apptainer/python313-userbase); il semble que mes scripts ne marchent plus. Voici ce qui est retourné:

/shared/projects/ctgan
Checking installed packages in Apptainer container:
Note: Some packages may not be installed yet
Running split 5/1500 (SLURM_ARRAY_TASK_ID=5)
WARN: /usr/bin/time not found; running without per-process MaxRSS capture.
INFO : A system administrator may need to enable user namespaces, install
INFO : apptainer-suid, or compile with ./mconfig --with-suid
==== Peak memory usage ====
[sstat] 51166430.batch (MaxRSS/MaxVMSize/AveRSS):
MaxRSS|MaxVMSize|AveRSS
776K|147124K|776K
[sacct] job=51166420_5 (MaxRSS/MaxVMSize):
JobID|MaxRSS|MaxVMSize|Elapsed|State

Auparavant, voilà ce que le même script .sh donnait:

/shared/projects/ctgan
Checking installed packages in Apptainer container:
Name: jax
Version: 0.9.0
Location: /shared/projects/ctgan/apptainer/python313-userbase/lib/python3.13/site-packages
Name: jaxlib
Version: 0.9.0
Location: /shared/projects/ctgan/apptainer/python313-userbase/lib/python3.13/site-packages
Name: flax
Version: 0.12.4
Location: /shared/projects/ctgan/apptainer/python313-userbase/lib/python3.13/site-packages
Name: optax
Version: 0.2.6
Location: /shared/projects/ctgan/apptainer/python313-userbase/lib/python3.13/site-packages
Name: ott-jax
Version: 0.6.0
Location: /shared/projects/ctgan/apptainer/python313-userbase/lib/python3.13/site-packages
Running split 1480/1500 (SLURM_ARRAY_TASK_ID=1480)
WARN: /usr/bin/time not found; running without per-process MaxRSS capture.

J’aurais aimé savoir s’il y a eu un changement admin ou bien si j’ai raté quelque chose lors d’une tentative de mise en place d’un nouveau container ? Ces fichiers n’ont pas été modifiés depuis le mois dernier, donc je pense qu’il s’agit d’une modification de votre côté ?

J’ai besoin de ces containers car le cluster est sur CentOS7 et la plupart des versions de packages/librairies que j’utilise ne tournent plus dessus depuis l’annonce de la fin de vie de cet OS.

Merci pour votre aide !

Olivier

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Bonjour,

Non, rien n’a été modifié de notre côté, pour ce qui concerne apptainer en tout cas.

Il s’agit d’un container au format sandbox ?

Pourriez-vous préciser la commande exacte qui a été lancée ?

Merci.

3

Bonjour,

Merci pour votre réponse.

Le blocage a fait suite à une tentative d’installation d’un apptainer sur le /home. J’ai réussi à terminer l’installation (avec la même commande) sur mon nouvel espace projet.

Tout marche correctement (l’ancien et le nouveau apptainer).

Bien à vous,

Olivier