Bonjour
Je suis Marc Diedisheim, je réalise des analyses bioinformatiques dans
l’équipe de Nicolas Venteclef à l’Institut Necker (UPCité).
Pouvez-vous me créer un compte, pour faire tourner un projet Cut&Tag,
s’il-vous-plait ?
J’ai 22 échantillons soit 88 Go de Fastq. C’est pour faire tourner un
pipeline nf-core (cutandrun: Introduction), je ne me rends pas
bien compte du volume de sortie ?
Mon téléphone si besoin : 06.86.23.85.46
Je vous remercie
Marc Diedisheim
Bonjour,
Pourriez-vous me fournir votre adresse mail universitaire ?
Ainsi que le nom du projet auquel vous rattacher (immediab avec Claire Vandiedonck ?) ou à créer (cutntag ?)
Merci.
Cordialement.
Je n’ai qu’une adresse INSERM marc.diedisheim@inserm.fr.
Je peux être rattaché au projet immediab avec Claire Vandiedonck
Merci
Marc
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Bonjour,
C’est parfait. J’ai créé votre compte. Vos identifiants ont été envoyés à marc.diedisheim@inserm.fr.
Cordialement.
Merci pour votre réactivité !
Juste une question : si je comprends bien, vous m’avez créé un espace “demo” de 500Go, et j’ai accès à l’espace “immediab” de 100Go ?
Bonne journée
Marc Diedisheim
Bonjour,
L’espace “demo” est un compte projet factice créé par défaut pour tous les utilisateurs. Il est limité à 50GB et le quota de temps cpu est très limité.
Vous devez effectivement stocker toutes vos données et lancer vos jobs depuis le répertoire projet immediab (/shared/projects/immediab) et spécifier le compte immediab quand vous lancez des jobs avec slurm (option -A immediab).
Cordialement.
Bonjour
Comme indiqué dans mon premier email, j’ai 22 échantillons soit 88 Go de Fastq. C’est pour faire tourner un pipeline nf-core (https://nf-co.re/cutandrun/3.2.2/). Avec 12 Go de libre (100-88), je ne pourrai pas faire tourner le pipeline. Comment faire pour augmenter l’espace disponible ?
Je vous remercie.
Marc Diedisheim
Bonjour,
J’ai relevé le quota à 500Go pour le projet immediab.
Cordialement.
top merci
Marc Diedisheim
Bonjour
Le pipeline a planté suite à la saturation des 500Go, pouvez-vous le relever le temps de ce projet ? nous pourrons revenir à 100Go par la suite.
Pour rappel, il s’agit du pipelin nf-core cutandtag, avec 22 échantillons et 88Go de fastq.
Je vous remercie
Marc Diedisheim
Bonjour,
J’ai relevé à 1000 Go.
Pour l’instant on peut laisser comme ça ou monter encore plus si il le faut.
Cordialement.
Merci pour votre réponse
Je suis toujours limité à 500Go, il y a un délai d’application ?
L’affichage de status_bars n’est rafraichi qu’une fois par heure.
Vous pouvez utiliser la commande suivante:
lfsquotas immediab
Cordialement.
top merci