Bonjour,
Je vous remercie pour la mise à disposition de votre programme.
Je débute dans l’utilisation de fpocket et j’ai trois interrogations principales (et je ne trouve pas l’information), pourriez-vous m’éclairer?
- qu’est-ce qui guide la numérotation de la section pockets vizualisation dans la page html de résultats ? sur quel paramètre présent dans le pocketN_atm.pdb est fait le classement (de 0 à n-1) ? pourquoi les pockets sont-elles renumérotées entre cette section visu (de 0 à n-1) et le fichier pocketN_atm.pdb (N = 0 à n-1 correspondant à la numérotation 1 à n du pdb/pqr global) ?
- est-ce que le paramètre Pocket Score peut être relié à une notion de drugabilité ? si oui, quel cutoff peut-on utiliser pour filtrer les poches de moindre intérêt ?
- avez-vous testé fpocket sur la détection de poches de surface d’une protéine au niveau d’une interface protéine-ADN/ARN ?
Merci par avance pour vos éventuelles réponses,
Bien cordialement,
Olivier Delalande
Maître de Conférence
Faculté de Pharmacie - Université de Rennes - IGDR
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