Install prodigy-cryst

CMPLI
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Bonjour,
j’ai essayé d’installer le programme prodigy-cryst (GitHub - haddocking/prodigy-cryst: Contacts-based classifier of biological and crystallographic interfaces) sur ma machine ubuntu du labo, mais je n’y arrive pas.
Lors de mes premières tentatives, j’ai eu des messages d’erreur concernant l’absence de certaines librairies python. J’ai donc installé les librairies python cython, scipy.
Et maintenant, j’ai le message d’erreur suivant
Cython.Compiler.Errors.CompileError: sklearn/neighbors/_ball_tree.pyx

Et là… je bloque…
Merci pour votre aide,

Leslie

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Bonjour,

Il peut s’agir d’un problème de version. D’après le fichier setup.py j’ai l’impression qu’il demande spécifiquement une version de python entre >=3.9, <3.10.
Ensuite leur fichier requirement.txt demande des version très spécifique de différentes librairies :

cython>=0.29.33
numpy<1.24
biopython==1.79
freesasa==2.1.0
scikit-learn==0.22

Essaie de refaire l’installation dans un environement conda avec ces versions spécifiquement installées, tiens moi au courant si ça bogue toujours.

G.

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Merci pour tes conseils, Par contre, je n’ai jamais fait d’environnement Conda. Pourrais tu m’expliquer comment faire.
Merci

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Est-ce que tu aurais un peu de temps lundi, pour qu’on le fasse ensemble ?

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Yes je devrais avoir un peu de temps lundi, pas de soucis.

G.