Bonjour Julien et Gabriel,
j’ai pu me connecter de mon bureau au cluster et avec la commande module avail je ne trouve pas le logiciel AMBER.
Serait-il possible de l’installer?
Les sources se trouvent ici (AMBER et AMBER TOOLS):
https://ambermd.org/GetAmber.php
J’aurai un besoin un peu urgent de lancer des calculs.
Merci beaucoup!
Samuela
Bonjour Julien,
si c’est disponible sur le cluster, oui.
Merci.
Samuela
J’ai un problème avec la bibliothèque pbsa qui refuse de compiler avec CUDA en version 11.5, mais cette bibliothèque semble requise pour le reste de l’installation d’Amber22.
Donc soit j’arrive à la compiler avec une version plus ancienne de CUDA, soit il va falloir se passer du calcul sur GPU pour Amber.
J.
Bonjour Julien,
merci pour ton retour. En attendant, avec Giovanni nous avons vu s’il y avait une alternative et nous sommes en train de tester une solution dans laquelle nous utilisons uniquement AmberTools (et donc non pas le moteur de simulation) que j’ai installé en local, en couplant après avec OPENMM pour les simulations.
Giovanni est en train de tester sur sa machine et ensuite il fera des tests aussi sur le cluster. Si cette solution fonctionne pour le moment, nous pourrons nous passer du CUDA. Si non je cherchais à comprendre les possibilités de faire une installation avec une version CUDA plus ancienne.
Merci beaucoup,
Samuela
Je pense avoir réussi finalement avec une autre version de CUDA. C’est assez contraignant car les versions de gcc et gfortran aussi doivent coïncider (voir tableau ici : CUDA incompatible with my gcc version - Stack Overflow).
Il y a aussi des modifications à faire au niveau des bibliothèques cuda pour la compilation aille jusqu’au bout (après près de 2h…).
Il me faudrait maintenant des données de test pour vérifier que tout est fonctionnel.
J.
Bonjour Julien,
c’est super!
Je vais chercher des données demain après-midi (je suis en cours demain matin).
Amicalement,
Samuela
Le module est disponible sur le cluster en tout cas.
Mais je n’ai pas encore eu l’occasion de tester avec les GPUs.
J.
Bonjour Julien,
je viens de lancer un test qui est sur la queue des gpus.
Quand il sera parti je te dirai si ça marche ou pas.
Merci beaucoup!
Samuela