Installation des outils de compilation R pour l’utilisation de r-lisi

Bonjour,
Je souhaite installer le package r-lisi depuis GitHub sur le module R 4.5.1 de notre cluster, mais l’installation échoue car les outils de compilation nécessaires ne sont pas disponibles.

Pourriez-vous installer ou rendre accessibles les outils suivants pour mon environnement utilisateur ?

  • R-devel
  • gcc / g++
  • make
  • Dépendances de compilation R : libcurl-devel, libxml2-devel, openssl-devel
    Ces outils me permettront d’utiliser devtools::install_github("immunogenomics/lisi") sans problème.
    Merci beaucoup pour votre aide.

Bonjour,

Vous pouvez cloner l’environnement R 4.5.1 de cette façon:

eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)" # pour initialiser les commandes conda
conda create --name my_env --clone /shared/software/conda/envs/r-4.5.1 # pour cloner l'environnement R 4.5.1
conda activate my_env # pour activer l'environnement
R -e 'devtools::install_github("immunogenomics/lisi")' # pour installer votre module

Cordialement.

Bonjour,

Merci pour votre retour, il semblerait qu’il y ait un souci => l’execution de la commande me met: command not found, j’ai juste reussi à me mettre sur la bonne version de R en faisant:
export PATH=/shared/software/conda/envs/r-4.5.1/bin:$PATH
mais je ne pense pas que ce soit la bonne solution car pas de clonage

voici ce que chatgpt me dit : il semble que le binaire conda n’existe pas (/opt/conda/bin/conda ou /shared/software/conda/bin/conda n’existent pas), donc cette commande de clonage ne fonctionnera pas pour l’instant.

Merci d’avance pour votre retour,
Bien à vous

Bonjour,

Les commandes conda ne sont pas “visibles” par défaut par votre shell. Vous avez deux possibilités:

  • initialiser de façon ponctuelle les commandes conda à l’aide de la commande que je vous ai donnée ci-dessus: eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)".
  • initialiser de façon permanente les commandes conda: /opt/conda/bin/conda init. Attention cela modifie le fichier .bashrc.

Avec l’une ou l’autre méthode vous devriez voir l’environnement (base) apparaître dans votre prompt et vous aurez ainsi accès à la commande conda.

Cordialement.

Bonjour,
j’ai pu arriver dans le terminal de mon ordinateur ( du labo, pas de chez moi, accès bloqué) a créer l’environnement conda et a charger la bonne version de R + le package lisi. J’ai reussi egalement à voir la bonne version de R ds le terminal de R, mais je suis bloquée pour afficher la bonne version de R ds la console. Auriez-vous une solution ? voici ce que j’ai fait sans succès Sys.setenv(RSTUDIO_WHICH_R=“/shared/projects/rsts_multi/.conda/envs/my_env/bin/R”) + redémarrage de R . Merci d’avance pour votre aide, Bien à vous

Bonjour,

Je ne suis pas sûr de comprendre.

Lorsque je charge l’environnement r-4.5.1 et que je tape la commande dans un shell bash:
R --version
ou dans R:
getRversion()
J’ai bien la version 4.5.1 qui s’affiche.

Bonjour,
Voici une version plus claire
ds le shell bash : R --version => j’obtiens bien la bonne version 4.5.1( terminal de R studio ou du shell bash de l’ordi)
ds la console R : > R.version.string [1] “R version 4.2.3 (2023-03-15)”
Merci!

Étrange.

Comment lancez-vous la console R ?

Bonjour,
Je passe par le lien standard https://Jupyter-rpbs-univ-paris… puis j ouvre une session Rstudio sur le cluster.

Merci

Rstudio tourne dans son propre environnement (rstudio-server/2023.03.1-446) et la version de R présente à l’intérieur est figée (r-4.2.3).

Je connais mal Rstudio malheureusement. Je vais quand-même me renseigner pour voir ce qu’il est possible de faire.

Bonjour,
pour info, mais je ne sais pas si ça peut aider, j’ai pu voir que nous avions le choix de la version de R que nous voulions utiliser quand je passe par le lien ondemand.rpbs.etc… mais quand je choisi la version de R 4.5.1, je n’ai pas accès au serveur ( queue. permanente).
Bonne journée

Bonjour,

Oui, ondemand permet de choisir la version de R qui tourne dans Rstudio.

Avez-vous réessayé depuis ? Est-ce que cela fonctionne avec une version antérieure ?

Cordialement.

Bonjour,
J’ai en effet reussi a me connecter via ondemand jusqu’à la version R : 4.4.1 . mais ensuite ca bloque :


Pensez-vous qu’il soit possible de débloquer le système?
Merci beaucoup,

Je pense qu’il s’agit d’une limitation de la version actuelle de l’environnement Rstudio (2023.03.1-446) qui n’accepte pas les version de R au delà de la 4.4.1.

Je vais voir pour rajouter un switch dans le formulaire pour pouvoir sélectionner une version plus récente.

Bonjour,

J’ai rajouté un champ pour sélectionner la version de RStudio.

Ça a l’air de fonctionner en choisissant R en version 4.5.1 avec RStudio en version 2025.05.1-513.

Merci de me faire un retour.

Cordialement.