Installation des outils de compilation R pour l’utilisation de r-lisi

[acdc]

Bonjour,
Je souhaite installer le package r-lisi depuis GitHub sur le module R 4.5.1 de notre cluster, mais l’installation échoue car les outils de compilation nécessaires ne sont pas disponibles.

Pourriez-vous installer ou rendre accessibles les outils suivants pour mon environnement utilisateur ?

• R-devel
• gcc / g++
• make
• Dépendances de compilation R : libcurl-devel, libxml2-devel, openssl-devel
  Ces outils me permettront d’utiliser devtools::install_github("immunogenomics/lisi") sans problème.
  Merci beaucoup pour votre aide.

[rey]

Bonjour,

Vous pouvez cloner l’environnement R 4.5.1 de cette façon:

eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)" # pour initialiser les commandes conda
conda create --name my_env --clone /shared/software/conda/envs/r-4.5.1 # pour cloner l'environnement R 4.5.1
conda activate my_env # pour activer l'environnement
R -e 'devtools::install_github("immunogenomics/lisi")' # pour installer votre module

Cordialement.

[acdc]

Bonjour,

Merci pour votre retour, il semblerait qu’il y ait un souci => l’execution de la commande me met: command not found, j’ai juste reussi à me mettre sur la bonne version de R en faisant:
export PATH=/shared/software/conda/envs/r-4.5.1/bin:$PATH
mais je ne pense pas que ce soit la bonne solution car pas de clonage

voici ce que chatgpt me dit : il semble que le binaire conda n’existe pas (/opt/conda/bin/conda ou /shared/software/conda/bin/conda n’existent pas), donc cette commande de clonage ne fonctionnera pas pour l’instant.

Merci d’avance pour votre retour,
Bien à vous

[rey]

Bonjour,

Les commandes conda ne sont pas “visibles” par défaut par votre shell. Vous avez deux possibilités:

• initialiser de façon ponctuelle les commandes conda à l’aide de la commande que je vous ai donnée ci-dessus: eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)".
• initialiser de façon permanente les commandes conda: /opt/conda/bin/conda init. Attention cela modifie le fichier .bashrc.

Avec l’une ou l’autre méthode vous devriez voir l’environnement (base) apparaître dans votre prompt et vous aurez ainsi accès à la commande conda.

Cordialement.

[acdc]

Bonjour,
j’ai pu arriver dans le terminal de mon ordinateur ( du labo, pas de chez moi, accès bloqué) a créer l’environnement conda et a charger la bonne version de R + le package lisi. J’ai reussi egalement à voir la bonne version de R ds le terminal de R, mais je suis bloquée pour afficher la bonne version de R ds la console. Auriez-vous une solution ? voici ce que j’ai fait sans succès Sys.setenv(RSTUDIO_WHICH_R=“/shared/projects/rsts_multi/.conda/envs/my_env/bin/R”) + redémarrage de R . Merci d’avance pour votre aide, Bien à vous

[rey]

Bonjour,

Je ne suis pas sûr de comprendre.

Lorsque je charge l’environnement r-4.5.1 et que je tape la commande dans un shell bash:
R --version
ou dans R:
getRversion()
J’ai bien la version 4.5.1 qui s’affiche.

[acdc]

Bonjour,
Voici une version plus claire
ds le shell bash : R --version => j’obtiens bien la bonne version 4.5.1( terminal de R studio ou du shell bash de l’ordi)
ds la console R : > R.version.string [1] “R version 4.2.3 (2023-03-15)”
Merci!

[rey]

Étrange.

Comment lancez-vous la console R ?

[acdc]

Bonjour,
Je passe par le lien standard https://Jupyter-rpbs-univ-paris… puis j ouvre une session Rstudio sur le cluster.

Merci

[rey]

Rstudio tourne dans son propre environnement (rstudio-server/2023.03.1-446) et la version de R présente à l’intérieur est figée (r-4.2.3).

Je connais mal Rstudio malheureusement. Je vais quand-même me renseigner pour voir ce qu’il est possible de faire.

[acdc]

Bonjour,
pour info, mais je ne sais pas si ça peut aider, j’ai pu voir que nous avions le choix de la version de R que nous voulions utiliser quand je passe par le lien ondemand.rpbs.etc… mais quand je choisi la version de R 4.5.1, je n’ai pas accès au serveur ( queue. permanente).
Bonne journée

[rey]

Bonjour,

Oui, ondemand permet de choisir la version de R qui tourne dans Rstudio.

Avez-vous réessayé depuis ? Est-ce que cela fonctionne avec une version antérieure ?

Cordialement.

[acdc]

Bonjour,
J’ai en effet reussi a me connecter via ondemand jusqu’à la version R : 4.4.1 . mais ensuite ca bloque :

Pensez-vous qu’il soit possible de débloquer le système?
Merci beaucoup,

[rey]

Je pense qu’il s’agit d’une limitation de la version actuelle de l’environnement Rstudio (2023.03.1-446) qui n’accepte pas les version de R au delà de la 4.4.1.

Je vais voir pour rajouter un switch dans le formulaire pour pouvoir sélectionner une version plus récente.

[rey]

Bonjour,

J’ai rajouté un champ pour sélectionner la version de RStudio.

Ça a l’air de fonctionner en choisissant R en version 4.5.1 avec RStudio en version 2025.05.1-513.

Merci de me faire un retour.

Cordialement.