Installation des outils de compilation R pour l’utilisation de r-lisi

CMPLI
1

Bonjour,
Je souhaite installer le package r-lisi depuis GitHub sur le module R 4.5.1 de notre cluster, mais l’installation échoue car les outils de compilation nécessaires ne sont pas disponibles.

Pourriez-vous installer ou rendre accessibles les outils suivants pour mon environnement utilisateur ?

  • R-devel
  • gcc / g++
  • make
  • Dépendances de compilation R : libcurl-devel, libxml2-devel, openssl-devel
    Ces outils me permettront d’utiliser devtools::install_github("immunogenomics/lisi") sans problème.
    Merci beaucoup pour votre aide.
2

Bonjour,

Vous pouvez cloner l’environnement R 4.5.1 de cette façon:

eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)" # pour initialiser les commandes conda
conda create --name my_env --clone /shared/software/conda/envs/r-4.5.1 # pour cloner l'environnement R 4.5.1
conda activate my_env # pour activer l'environnement
R -e 'devtools::install_github("immunogenomics/lisi")' # pour installer votre module

Cordialement.