Installation du package DiffBind sur RStudio OnDemand

Cluster Help requests
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Bonjour,

J’utilise une session interactive RStudio via ondemand.rpbs, mais je n’arrive pas à charger le package DiffBind.

Lorsque je tente de l’installer avec la commande BiocManager::install(“DiffBind”), l’installation est extrêmement longue et ne semble pas aboutir. Je me demande donc si cette méthode est appropriée dans ce contexte.

Existe-t-il une alternative pour installer ce package, par exemple via l’environnement shell (conda/mamba ou modules disponibles sur le cluster) ?

Merci d’avance pour votre aide.

Bien cordialement,
Kenza

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Bonjour,

Mes connaissances en R étant limitées, je ne peux que vous renvoyer à la doc du core cluster de l’IFB : R / RStudio - IFB Core Cluster Documentation

Vous pouvez sinon créer votre propre environnement conda comprenant les bibliothèques dont vous avez besoin (en passant par un shell) mais je ne connais pas ensuite la méthode pour l’utiliser dans l’environnement RStudio.

Cordialement.

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Merci beaucoup pour ces pistes !