Bonjour,
J’ai accès depuis peu à iPOP-UP et je cherche à utiliser Cytosim dessus, un outil qui permet de simuler le comportement du cytosquelette : Files · master · Francois Nedelec / Cytosim · GitLab.
Pour cela, je crée une image singularity sur laquelle une version de cytosim est compilée depuis mon ordinateur…
L’image fonctionne depuis mon fixe et sur une autre machine (à l’architecture proche à priori).
Lorsque j’essaie de lancer le sbatch depuis iPOP-UP je rencontre le souci suivant.
Mon fichier sbatch est le suivant :
#!/bin/bash
################################ Slurm options #################################
### Job name
#SBATCH --job-name=job_cyto_test
### Limit run time "days-hours:minutes:seconds"
#SBATCH --time=01:00:00
### Requirements
#SBATCH --partition=ipop-up
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --mem-per-cpu=8GB
### Email
#SBATCH --mail-user=magid.badaoui@ijm.fr
srun singularity exec ./cytosim.simg /cyto/cytosim_pyston_force/bin/sim /cyto/cytosim_pyston_force/example.cym
Il s’agit d’appliquer l’executable sim au fichier de configuration example.cym. Je pense qu’il ne s’agit pas d’un problème lié au point de montage.
J’obtiens l’erreur suivante aussitôt la simulation lancée.
run: error: cpu-node130: task 0: Illegal instruction
Je me demande s’il ne s’agit pas d’un problème d’incompatibilité entre les machines, lié à la compilation de l’outil sur mon propre ordinateur.
Si cela parle à quelqu’un,
Merci par avance pour votre aide,
Bonne journée,
Magid