Jupyter & module

Cluster Help requests
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Bonjour,

Je suis assez nouveau sur le cluster IPOP-UP, et j’avais une questions sur l’utilisation des modules avec le JupyterHub. Je souhaite utiliser un module (scenicplus) sur le cluster en utilisant un Jupyter notebook, mais je ne suis pas certain de la bonne manière de procéder.

J’ai consulté la documentation disponible :

Cependant, je ne suis pas sûr de comprendre la gestion des environnements Python lorsqu’on utilise des modules du cluster.

D’après ce que j’ai compris, étant donnée que le module scenicplus/1.0a1 existe déjà, il ne devrait pas être nécessaire de créer un environnement conda, dans ce cas quelle est la méthode pour l’utilisation du module dans le JupyterHub ? Sinon faut t-il créer un environnement conda et installer scenicplus dedans et rendre l’environnement disponible via un nouveau kernel ?

Merci d’avance pour votre aide,

Léo

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Bonjour,

La documentation ipop-up est très incomplète. Vous pouvez aller voir à cette adresse pour plus d’informations:

Pour résumer il faut procéder comme suit:

  • Activer les commandes conda (si vous n’avez jamais fait de conda init):
eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)"
  • Créer votre environnement conda en incluant le package ipykernel (et votre package scenicplus par exemple):
conda create -c conda-forge -n my_env -p /shared/projects/compdevneuro/envs/my_env ipykernel some_other_packages ... # ipykernel must be installed
  • Le rendre disponible en tant que kernel dans votre instance jupyterlab:
conda activate /shared/projects/compdevneuro/envs/my_env
python -m ipykernel install --user --name 'my_env' --display-name "My environment"
  • Dans jupyterlab, selectionner le kernel “My environment” en ouvrant un notebook.

Cordialement.

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Bonjour,

Très bien merci, je vais voir ça

Bien à vous