Salut,
je voudrais utiliser la version 7 de Snakemake qui recommande d’utiliser Mamba plutôt que Conda pour créer l’env des workflows. Est-ce qu’il est possible d’installer mamba? soit de base pour tous, soit dans le module Snakemake/7.7.0, ou sinon de créer un module mamba?
Merci!
On ne peut pas utiliser mamba directement depuis la console, si tu veux installer des nouveaux environnements (pour tout le monde), deux solutions :
faire une demande de MR sur le repo Tools de l’IFB : Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab et ajouter à côté des fichiers env.yml et meta.yml un fichier mamba.hook qui va forcer l’utilisation de mamba pour construire l’environnement. Il faudra obtenir l’approbation d’un membre de la taskforce et l’environnement sera déployé sur l’ensemble des clusters du NNCR.
je créé un repo correspondant à l’environnement que tu veux créer sur le gitlab RPBS auquel je t’ajoute en tant que developer : tu es libre de créer tes propres branches et les environnements sont automatiquement construits à chaque fois que tu fais un push via un pipeline. Par contre il faut que je modifie le pipeline pour qu’il utilise mamba quand un fichier mamba.hook est présent, pour l’instant il n’utilise que conda.