Bonjour
Je poste ici une solution à un problème rencontré avec l’utilisation de pipelines nf-core. Avec le paramètre -profile ipop_up, l’argument --genome est ignoré. L’idée est que la plupart des fasta et gtf sont disponibles sur /shared/banks/genomes/, et peuvent être désignés par le chemin direct pour éviter de retélécharger les données et prendre de la place inutilement.
En revanche, si vous souhaitez utiliser l’argument --genome, il faut ajouter --igenomes_ignore false comme argument à nextflow.
Bien cordialement
Marc