Bonjour,
Je n’arrive plus à lancer de session Rstudio. Il indique d’abord “session was succesfully created” mais ça ne se lance pas et finit, après quelques minutes, dans la catégorie completed.
Merci d’avance pour votre aide,
Véronique
Bonjour,
Par quel portail passez-vous ? Ondemand ou JupyterHub ?
Bonjour,
je passe par ondemand, pour avoir Rstudio avec r4.5.1
A priori vous avez spécifié le mauvais compte projet (demo) :
[rey@ipop-up home]$ sacct -u dubreuil --format=JobID,JobName,Partition,Account,AllocCPUS,State,Submit
JobID JobName Partition Account AllocCPUS State Submit
22399957 rstudio ipop-up demo 2 FAILED 2025-12-04T04:31:54
22399957.ba+ batch demo 2 FAILED 2025-12-04T04:31:56
22400711 jupyter ipop-up rsts_multi 1 TIMEOUT 2025-12-04T04:34:21
22400711.ba+ batch rsts_multi 1 CANCELLED 2025-12-04T04:34:23
22400711.0 batchspaw+ rsts_multi 1 COMPLETED 2025-12-04T04:34:24
22403627 rstudio ipop-up demo 2 FAILED 2025-12-04T04:43:53
22403627.ba+ batch demo 2 FAILED 2025-12-04T04:43:56
Cordialement.
Effectivement mais c’est parce que ça ne fonctionnait pas sur le projet que j’ai fait des tentatives sur le compte demo. Là je viens de retenter avec le projet rsts_multi et j’ai à nouveau le même probleme.
Ok, je suis allé voir dans les logs du jobs et j’ai même tenté de lancer rserver à la main avec votre compte et voici l’erreur que j’obtiens:
(base) [dubreuil@cpu-node131 fd8c9a30-729d-46c1-90bc-06ec2e9f140a]$ sg rsts_multi -c 'eval rserver --www-port '\''18051'\'' --auth-none 1 --rsession-path '\''/shared/home/dubreuil/ondemand/data/sys/dashboard/batch_connect/sys/rstudio/output/fd8c9a30-729d-46c1-90bc-06ec2e9f140a/rsession.sh'\'' --secure-cookie-key-file '\''/tmp/tmp.Qgcr8TOp9n/rstudio-server/secure-cookie-key'\'' --server-data-dir '\''/tmp/tmp.Qgcr8TOp9n/rstudio-server/'\'' --database-config-file '\''/tmp/tmp.Qgcr8TOp9n/rstudio-server//dbconf'\'' --config-file '\''/shared/home/dubreuil/rserve.conf'\'' --server-user '\''dubreuil'\'''
TTY detected. Printing informational message about logging configuration. Logging configuration loaded from '/etc/rstudio/logging.conf'. Logging to '/shared/home/dubreuil/.local/share/rstudio/log/rserver.log'.
2025-12-04T11:20:12.430971Z [rserver] ERROR Unable to determine real path of R script /shared/home/dubreuil/conda_envs/r-4.5.1/bin/R (system error 2 (No such file or directory)); LOGGED FROM: bool rstudio::core::r_util::{anonymous}::validateRScriptPath(const string&, std::string*) src/cpp/core/r_util/REnvironmentPosix.cpp:301
Unable to determine real path of R script /shared/home/dubreuil/conda_envs/r-4.5.1/bin/R (system error 2 (No such file or directory))
et dans votre environnement utilisateur j’ai trouvé la variable:
RSTUDIO_WHICH_R=/shared/home/dubreuil/conda_envs/r-4.5.1/bin/R
Savez-vous d’où ça peut venir ?
Cordialement.
J’ai eu des difficultés avec les environnements, et R affichait R4.5.2, j’ai essayé pas mal de modifications avec l’aide de chatGPT… et notamment, j’ai implémenté ce dossier.
Si vraiment ma session pose un probleme, n’hésitez pas à supprimer mon compte, et à m’en recréer un, il est plus que probable que j’ai fait de mauvaises manips.
Mais j’ai depuis fixé mon problème d’environnement (sur le server IFB) en utilisant un .Rprofile local. Etant sur l’université, je prefererais utiliser le serveur RPBS si possible.
Merci d’avance,
Véronique
J’ai effacé tout ce qui pouvait a priori poser souci, notamment les déclarations de variables dans les fichiers .bashrc et .bash_profile, ainsi que les sessions jupyter et ondemand.
Dites-moi si le problème persiste.
Cordialement.
Bonjour,
Merci beaucoup, tout refonctionne, j’avais dû pas mal modifier… je m’abstiendrais à l’avenir.
Pour travailler en commun avec ma collègue, je crée un .Rprofile local avec un lien vers une library R commune dans notre projet. Est-ce que cela vous parait une bonne alternative à Renv? car j’ai du mal à comprendre le fonctionnement de Renv… Une ancienne de nos étudiantes l’utilisait mais il y a plusieurs Renv créé dans notre projet et j’avoue que ce n’est pas très “compréhensible” pour moi. Aussi j’ai discuté avec un collègue qui m’a recommandé de travailler dans un .Rproject, mais là ausi, je ne suis pas certaine de bien comprendre le fonctionnement/avantage. Si vous avez des tutos dispos sur le sujet, pourriez-vous me les recommander?
Merci encore et Bonne journée,
Véronique
Je connais mal R, donc je ne suis pas en mesure de vous répondre. Mais j’ai posé la question à une IA:
Attribuer une library commune via un
.Rprofilefonctionne, mais ce n’est pas vraiment recommandé pour un projet collaboratif car ce n’est pas reproductible et dépend du chemin local de chaque machine.renv, au contraire, crée un environnement isolé au niveau du projet, ce qui garantit que tous les collaborateurs utilisent les mêmes versions de packages. Le.Rproj, quant à lui, sert simplement à organiser le dossier en “projet RStudio” et se combine très bien avec renv. La bonne pratique actuelle est donc : créer un.Rproj, puis initialiserrenvà l’intérieur.
Je vous remercie,
bonne journée,
Véronique