RE: Votre compte utilisateur pour l'infrastructure de calcul iPOP-UP@RPBS

Bonjour,

Je suis en train de me familiariser avec Ipop-up, et je m’excuse par avance si mes questions sont basiques.

J’ai créé un dossier à mon nom dans le projet NS1 et je souhaitais savoir s’il est uniquement visible par moi, ou s’il est accessible à d’autres utilisateurs.

Par ailleurs, j’ai récupéré un code local que je souhaite exécuter sur Ipop-up. Il s’agit d’un script en .csh. Or, le shell csh ne semble pas être installé actuellement.
Est-il possible de l’installer ? Et si oui, ai-je les droits nécessaires pour le faire via une commande comme sudo apt-get install csh, ou existe-t-il une autre procédure recommandée ?

Je vous remercie par avance pour votre aide.

Bien cordialement,
Léa Dufay

Par défaut il est visible et modifiable par tous les membres du groupe ns1 :

drwxrws---+ 4 dufay ns1 4096 Jun 17 11:17 dufay

Il faut passer par un environnement conda.

Exemple:

eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)"
conda create -p /shared/projects/ns1/tcsh tcsh
conda activate /shared/projects/ns1/tcsh

Cordialement.

Bonjour,

Merci pour votre retour.

J’en profite pour vous poser une autre question :
Je vais atteindre la limite du nombre de fichiers générés, alors que je n’ai pas encore atteint la limite de capacité en Go.

Dans le cadre de mon projet, je crée une base de données avec de nombreux fichiers. Serait-il possible de lever ou d’augmenter cette limite sur le nombre de fichiers autorisés ?

Je vous remercie par avance pour votre aide.

Bien cordialement,
Léa DUFAY

Oui. J’ai relevé le quota.

Cordialement.

Bonjour,

Je vous remercie.

Étant donné que je génère environ 200 fichiers pour chacune des 100 000 protéines, serait-il possible d’augmenter la limite à 20 millions de fichiers ?

Bien cordialement,
Léa

Bonjour,

Oui, mais pour un temps très limité. Le système de fichiers a un nombre limité d’inodes.

Bonjour,
Avez-vous une idée du délai ?
C’est pour que je puisse récupérer les fichiers avant, si nécessaire.

Merci d’avance

Un mois c’est ok ?

C’est parfait, je vous remercie.
Je vous souhaite une excellente journée.