Bonjour,
J’aimerais reproduire les résultats d’un article: Determination of the dynamic cellular transcriptional profiles during kidney development from birth to maturity in rats by single-cell RNA sequencing | Cell Death Discovery
J’aurai besoin de la version 3.1 du paquet Seurat. Comment puis-je procéder pour cela ?
Est-ce qu’il existe un moyen de lancer rstudio depuis un environnement conda où les paquets sont installés par exemple ?
Je vous remercie pour votre aide.
Bonjour,
Si l’environnement n’est pas déjà disponible sur le cluster vous pouvez créer votre propre environnement conda.
Pour activer les commandes conda:
eval "$(/opt/conda/bin/conda shell.bash hook)"
Ensuite vous avez juste à créer votre environnement avec conda create, conda install etc.
Je ne connais pas Rstudio mais pour utiliser votre environnement dans un notebook jupyter vous pouvez faire, après avoir chargé votre environnement:
R -e "IRkernel::installspec(name = 'seurat-3.1', displayname = 'Seurat 3.1', user = TRUE)"
Il apparaîtra alors dans la liste des kernels disponibles.
Bien cordialement.